Aplinkos tyrimų departamentas nuo 2004 metų yra akredituotas standarto LST EN ISO/IEC 17025 atitikčiai. Nacionalinis akreditacijos biuras (toliau – NAB) reguliariai vertina Aplinkos tyrimų departamento kompetenciją, veiklos procedūras, atlieka priežiūros vizitus. Paskutinis akreditavimo pažymėjimas Nr. LA.01.064, išduotas 2022 m. rugpjūčio 31 d., galioja iki 2024 m. spalio 10 d. (Akreditavimo pažymėjimas lietuvių k., Akredituota sritis).
Aplinkos tyrimų departamentas akredituotas atlikti vandens, nuotekų, aplinkos oro ir stacionariųjų taršos šaltinių išmetamųjų teršalų cheminius, fizikinius tyrimus, vandens biologinius tyrimus, vandens, nuotekų ir aplinkos oro mėginių ėmimą. Taip pat Aplinkos tyrimų departamentas yra akredituotas taikyti lanksčią sritį (Aplinkos tyrimų departamento aktuali akredituota sritis).
Aplinkos apsaugos valstybinės kontrolės įstatymas nustato, kad Aplinkos apsaugos agentūra atlieka valstybinius tyrimus pagal Aplinkos apsaugos departamento prie Aplinkos ministerijos pavedimus. Valstybiniai laboratoriniai tyrimai – aplinkos apsaugos valstybinės kontrolės tikslais atliekami į aplinką patenkančių teršalų, jų paveiktos aplinkos ir atliekų cheminės sudėties ir fizikinių savybių tyrimai ir matavimai (ėminių ėmimas, laboratorinių tyrimų ir matavimų atlikimas). Kai atlikus valstybinius tyrimus nustatoma leistinas normas viršijanti arba neleistina tarša ir (ar) netinkamai tvarkomos atliekos, už šių ėminių ėmimą ir tyrimų atlikimą apmoka teršėjas (fiziniai ir (ar) juridiniai asmenys).
